高难度挑战主要集中在特定任务模式和后期解锁的玩法中，其中九重天挑战模式、梦中梦模式以及驭浪者任务的进阶关卡是玩家需要重点关注的挑战内容。这些模式通常需要玩家具备成熟的战甲配置、合理的MOD搭配以及团队协作能力。高难度挑战的入口分散在不同星图节点，部分需要完成前置剧情任务或达到特定段位才能解锁。九重天模式位于航道星舰任务链末端，梦中梦需完成第二梦系列任务，而驭浪者的高难度挑战页签则需逐步解锁基础关卡后才能开启。

高难度挑战的核心机制往往涉及复合型目标，例如同时处理多波次敌人、环境障碍与时限压力。在九重天模式中，玩家需要操控星舰应对太空战，炮手需配置泽基毒液穿甲炮等具有控制效果的武器，守护者则建议选择具备自动拾取功能的MOD配置。梦中梦模式强调战术应变能力，敌人AI会采用包抄、技能打断等高级行为模式，地形利用和障碍物规避成为生存关键。这类挑战普遍存在资源限制机制，玩家需谨慎管理弹药、能量和复活次数。

装备准备方面，建议优先获取4K（奥罗金遗迹）掉落的特殊MOD，这类卡片能显著提升战甲属性但带有负面效果，需要通过携带龙钥开启遗迹宝库获取。战甲选择应以团队功能互补为原则，高生存能力的坦克型战甲与群体控制的输出型战甲组合较为稳妥。MOD强化不宜盲目追求满级，部分10级MOD最后两级消耗资源过大，中期玩家保持8级即可满足大多数挑战需求。指挥官增幅器的进阶改造也是必备条件，223组合（司书棱镜+洛林支架+克拉姆曲柄）在应对Sentient敌人时表现突出。